Для тех, кто сталкивался с такой проблемой - вот решение.
При помощи jQuery добавляется функция для решения проблемы.
Добавьте вызов одного файла, вызовите один джаваскриптовый метод и вот вам магия :)
http://jquery.khurshid.com/ifixpng.php

Ещё два варианта решения этой же проблемы:
http://homepage.ntlworld.com/bobosola/pngtest.htm
http://24ways.org/2007/supersleight-transparent-png-in-ie6